Joanna Jabłkowska urodziła się w Łodzi w 1953 r. Tutaj uczęszczała do szkoły podstawowej, potem do I Liceum Ogólnokształcące im. M. Kopernika. W 1972 r. zdała maturę i rozpoczęła studia filologii germańskiej w Uniwersytecie Łódzkim. W roku akademickim 1974/5 studiowała w Greifswaldzie. W marcu 1977 obroniła pod kierunkiem prof. Marii Kofty pracę magisterską p.t. "Max Frisch. Die Tagebücher". Otrzymała dyplom z wyróżnieniem i od października 1977 roku rozpoczęła pracę na etacie asystenta stażysty w Instytucie Filologii Germańskiej UŁ. W maju 1984 roku obroniła w Uniwersytecie Wrocławskim, pod kierunkiem prof. Norberta Honszy pracę doktorską p.t.: "Idee der Toleranz in den Werken von Max Frisch".
W semestrze zimowym 1984 r. oraz w roku akademickim 1985/1986 odbywała staże naukowe w Giessen, następnie w semestrze zimowym 1993 w Passau i w 1998 w Berlinie. Dzięki tym stypendiom zebrała materiały do rozprawy habilitacyjnej, która wyszła w formie książkowej p.t. Literatur ohne Hoffnung. Die Krise der Utopie in der deutschen Gegenwartsliteratur (Wiesbaden 1993), a następnie do książki profesorskiej, Zwischen Heimat und Nation. Das deutsche Paradigma. Zu Martin Walser. Tübingen 2001. W 1993 obroniła habilitację, w 1997 r. otrzymała stanowisko profesora UŁ, w grudniu 2002 r. został jej nadany tytuł profesora, a od 2006 r. jest profesorem zwyczajnym. Od 2001 r. kieruje Katedrą Literatury i Kultury Niemiec, Austrii i Szwajcarii.
Profesor Jabłkowska angażuje się od kilkunastu lat w działania, mające na celu doskonalenie kształcenia. W latach 1995-1998 była koordynatorem programu TEMPUS (Łódź, Giessen Sheffield), w latach 1998-2001 koordynatorem programu SOKRATES, od 1999 r. jest członkiem komisji ekspertów UKA. W latach 2002-2005 była prodziekanem Wydziału Filologicznego do spraw studenckich, a w latach 2004-2007 członkiem Państwowej Komisji Akredytacyjnej.
W semestrze letnim 2006 i zimowym 2006/2007 była profesorem gościnnym w Otto von Guericke Universität w Magdeburgu, gdzie prowadziła seminaria komparatystyczne z zakresu zagadnień polsko-niemieckich. W Łodzi prowadzi wykłady z historii literatury niemieckiej XVIII, XIX i XX/XXI w., seminaria magisterskie oraz konwersatoria monograficzne z literaturoznawstwa i kulturoznawstwa. Około 100 magistrantów ukończyło studia pod jej kierunkiem, czterech pracowników katedry obroniło doktoraty, trzy osoby mają otwarty przewód doktorski. Jest członkiem m.in. Łódzkiego Towarzystwa Naukowego, Österreichische Gesellschaft für Germanistik, Internationaler Germanisten-Verband.
Oprócz wymienionych wyżej monografii, profesor Jabłkowska ma na swym koncie 74 artykuły naukowe, 7 tomów zbiorowych i ok. 30 mniejszych publikacji (recenzje, hasła słownikowe, prace publicystyczne), ponadto liczne recenzje wewnętrzne. Ostatnie prace naukowe poświęcone są niemieckim debatom rozliczeniowym oraz problemom pamięci zbiorowej i tożsamości narodowej; w marcu 2008 wyjdzie w Wydawnictwie Poznańskim tom pod redakcją Joanny Jabłkowskiej i Leszka Zylińskiego O kondycji Niemiec. Tożsamość niemiecka w debatach intelektualistów po 1945 roku.
Profesor Jabłkowska jest zamężna, ma córkę Magdalenę i wnuczkę Marysię.